SAMTOOLS

For samtools, the following wrappers are available:

• SAMTOOLS CALMD
• SAMTOOLS COLLATE
• SAMTOOLS DEPTH
• SAMTOOLS FAIDX
• SAMTOOLS FASTQ INTERLEAVED
• SAMTOOLS FASTQ SEPARATE
• SAMTOOLS FASTX
• SAMTOOLS FIXMATE
• SAMTOOLS FLAGSTAT
• SAMTOOLS IDXSTATS
• SAMTOOLS IMPORT
• SAMTOOLS INDEX
• SAMTOOLS MARKDUP
• SAMTOOLS MERGE
• SAMTOOLS MPILEUP
• SAMTOOLS SORT
• SAMTOOLS STATS
• SAMTOOLS VIEW